La sua origine si accomuna con la presenza in Rocca, dalla seconda metà del XVIII sec., della sede comunale, ma è solo verso il 1940 che il Museo viene istituzionalizzato per volontà del podestà Giuseppe Lombardini. Il percorso espositivo viene allora collocato nelle stanze dell'appartamento nobile a settentrione, le più importanti per la presenza di fregi parietali, soffitti a cassettoni decorati, camini in marmo di Verona.
Per merito del novellarese Aldo Cerlini il Museo viene poi riordinato e nel 1941 le opere vengono schedate dalla Soprintendenza di Modena. Tra gli anni '50 e '60 ci sarà poi un rinnovato interesse per la storia di Novellara e non mancheranno interventi di restauro dei locali che porteranno alla scoperta di fregi affrescati così come tra il '75 e il '76 verranno restaurati numerosi dipinti con finanziamenti regionali. Negli stessi anni il patrimonio si accresce con il deposito degli affreschi romanico bizantini del 1280, di proprietà della Curia Vescovile, che erano nell'abside della Chiesa di San Giovanni della Fossa, una frazione di Novellara.
Un'altro deposito che in seguito qualificherà notevolmente le raccolte sarà quello del 1987 quando, dopo la mostra di Lelio Orsi a Reggio Emilia, verranno depositati presso il Museo, dalla Soprintendenza di Modena, gli affreschi di Lelio Orsi, strappati nel 1845, che componevano lo splendido ciclo dipinto per il Casino di Sopra, una residenza gonzaghesca.
In questi ultimi anni le raccolte si sono poi incrementate e qualificate ulteriormente con l'acquisizione di opere di grande pregio artistico:
- un vaso istoriato della collezione della Farmacia dei Gesuiti
- un dipinto di Lelio Orsi raffigurante un' "Annunciazione"
- un prezioso arazzo, datato 1554, acquistato ad un'asta nel 2003.
