Il museo dei cappuccini è un luogo che documenta l'evolversi della vita culturale e religiosa, soprattutto locale, al fine di garantire il presente; i musei ecclesiastici devono essere organizzati in modo da poter comunicare il sacro, il bello, l'antico, il nuovo.
Nell'allestire le nuove sale del museo si è tenuto conto del complesso della struttura che, oltre al museo, comprende l'archivio per i manoscritti, la biblioteca per i volumi stampati, una sala conferenze per incontri e un cinema/teatro per le iniziative di carattere divulgativo.
Si è cercato di istituire un sistema che potesse continuare, nel settore dell'arte, della cultura, della ricerca e dell'intrattenimento quella che è stata la filosofia di vita dei frati Cappuccini nei quasi cinquecento anni della loro storia. Ci troviamo, quindi, di fronte ad una struttura che ha come obbiettivo primario la creazione di un luogo dove l'uomo possa attuare una riflessione su se stesso e sul suo passato; un luogo che amplia il ruolo del museo come prevalentemente conservativo per includere nuove funzionalità quali comunicazione, didattica, intrattenimento, ricerca, diffusione della cultura, collegandosi con altre strutture simili o complementari.
Gli oggetti affiancano nelle mostre i dipinti, i libri ed i manoscritti, permettendo così di costruire percorsi completi ed altamente istruttivi per i visitatori che possono in questo modo arricchire il proprio bagaglio culturale e lo spirito di immagini, simboli, notizie e informazioni che, unite in un tutto organicamente strutturato - che comprende anche gli studi della biblioteca e dell'archivio e le conferenze a tema -costituisce il vero valore aggiunto di quello che è stato definito sistema integrato di promozione culturale: Beni Culturali Cappuccini dell'Emilia Romagna.